Desde que entregues ao estado o IVA que cobraste, não haverá qualquer problema.
Quando estás "Isento de IVA" quer dizer que não estás obrigado a cobrar IVA pelos teus serviços prestados pelo que, depois, não terás que o entregar ao estado.
Uma vez que cobraste o IVA, deverás entregá-lo até dia 15 do segundo mês do trimestre em que o IVA foi cobrado (I.E., cobras IVA no primeiro trimestre, tens que entregá-lo até ao dia 15 de Maio; 15 de Agosto para o IVA cobrado no 2º trimestre; 15 Novembro para o IVA do 3º trimestre e 15 de Fevereiro para o IVA do 4º trimestre).
(aconselho-te vivamente a por o dinheirinho do IVA que cobraste de lado
_numa conta à parte, ou mesmo dentro do travesseiro_ pois uma vez cobrado, é devido ao estado! E se o gastares, depois vais ver-te aflito para "encontrar" como pagar quando for chegado o "dia da cobrança")
Muito importante também, na minha opinião, é pedires às entidades para as quais passas os recibos, que te façam a retenção na Fonte do IRS: são 21,5% dos valor a receber. É dinheiro que não recebes e que vai para os cofres do estado. Mas evita-te surpresas desagradáveis, quando chegar a altura de entregares o IRS, de teres de "desencantar" umas centenas de euros para pagar o IRS. E se tudo correr bem, grande parte o dinheiro "retido" é-te devolvido, o que te dá uma folga para as férias de verão
Convém não esquecer também que, tens um ano de isenção de pagamento à Segurança Social. Findo esse ano vais ter que pagar religiosamente, todos os dias 15 de cada mês a bela quantia de 186,13 Euros. A não ser, que sejas empregado por conta de outrém e os recibos sejam um suplemento. Neste caso, como já são feitos descontos a SS pela entidade por conta de quem trabalhas, então não tens que ser tu a pagar do teu bolso.
Nota1: quando o dia 15 calha ao fim de semana, os pagamentos podem ser feitos até ao dia útil seguinte.
Nota2: todas estas informações (sobretudo as que são relativas ao IVA) devem ser confirmadas junto das finanças pois eu não tenho conhecimento na matéria, apenas estou a falar do que conheço, fruto da minha experiência.